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摘要： 本试验利用前期从小麦田土壤样品中筛选到的一株对DON有高效降解能力的菌株JM-3，采用PacBio第三代测序技术对该菌株进行了全基因组测序，并利用HGAP、Canu、CGView、Glimmer、KOBAS、MEGA、Mauve等软件对该基因组进行了组装与分析、圈图的绘制、编码基因的预测与功能注释、系统进化分析、比较基因组学分析等。全基因组分析和基因预测结果表明，JM-3基因组全长约4.7 Mb，GC含量为63.9%，共预测出了4534个编码基因。通过GO、COG、KEGG、CAZy等数据库比对，分别注释了2217、3304、2256、478个基因。系统进化分析表明，JM-3菌株与德沃斯氏菌的进化关系最近，确定其为德沃斯氏菌（Devosia sp.）。比较基因组学分析结果表明，尽管JM-3菌株与Devosia sp. A16和Devosia sp. D6-9均具有良好的DON降解能力，但其基因组存在多个基因片段插入/缺失、重排和易位的现象，表明JM-3是一种新的DON降解菌株。本研究对进一步挖掘JM-3基因组中的DON降解关键酶提供了数据支撑和科学依据。
[关键词] 呕吐毒素|脱氧雪腐镰刀菌烯醇|德沃斯氏菌|全基因组测序|基因预测|功能注释|比较基因组
中图分类号:
